Réalisé par la manufacture d'orgues Daniel Kern de Strasbourg, l'orgue de Saint-Thibaut se caractérise par deux buffets hauts de 8,50 mètres encadrant la verrière de la flèche de l'église, il comporte 1500 tuyaux, deux claviers de 56 notes, un pédalier de 30 notes, 23 tirants de registres.
La bénédiction de l'orgue par l'évèque de Versailles et le concert inaugural ont eu lieu le dimanche 4 mai 2008.